Varinių kapiliarinių vamzdelių valymo būdai yra įvairūs. Tarp fizinio valymo metodų įprastas metodas yra aukšto{1} slėgio skalavimas vandeniu. Naudojant didelės spartos vandens srovę, kurią sukuria aukšto-slėgio vandens pistoletas, kapiliarinio vamzdelio vidus išplaunamas ir efektyviai pašalinamos didesnės nešvarumų ir nešvarumų dalelės. Tačiau svarbu kontroliuoti vandens slėgį, kad nepažeistumėte kapiliarinio vamzdelio dėl per didelio slėgio. Dujų valymas yra kitas būdas, kai suslėgtas oras arba azotas įleidžiamas į kapiliarinį vamzdelį, kad būtų išpūstos vidinės dulkės ir šiukšlės. Šį metodą paprasta naudoti, tačiau jis nėra veiksmingas esant tam tikram lipniam nešvarumams. Cheminiam valymui galima naudoti rūgščių tirpalus. Pavyzdžiui, pamirkius kapiliarinį vamzdelį praskiestoje druskos rūgšties tirpale, gali ištirpti vidiniai metalų oksidai ir kai kurie karbonatiniai nešvarumai. Mirkymo laikas turi būti pagrįstai kontroliuojamas, atsižvelgiant į nešvarumų susikaupimo laipsnį. Po mirkymo būtina kruopščiai nuplauti švariu vandeniu, kad rūgščių likučiai nepakenktų kapiliariniam vamzdeliui. Valymui galima naudoti ir šarminius tirpalus, tokius kaip natrio hidroksido tirpalas, kuris gali pašalinti riebalus ir riebius nešvarumus. Tačiau po valymo cheminiais tirpalais būtina neutralizuoti ir kruopščiai nuplauti vandeniu. Ultragarsinis valymas sujungia fizinius ir cheminius veiksmus. Kapiliarinis vamzdelis dedamas į ultragarso valymo baką, pripildytą valymo skysčio. Ultragarso generuojamos aukšto-dažnio vibracijos gali pašalinti nešvarumus iš vidinės kapiliaro sienelės, todėl gaunamas geras valymo efektas, ypač tinka kapiliariniams vamzdeliams su nedideliais įtrūkimais ir sudėtingomis formomis. Valymo metu reikia pasirinkti tinkamą valymo būdą, atsižvelgiant į kapiliarinio vamzdelio medžiagą, nešvarumo tipą ir laipsnį.

